Tiếp tục cuộc chiến mãng xà 1, Đội G.I. Joe bị buộc tội đánh cắp đầu đạn hạt nhân từ Pakistan bởi Zartan (Arnold Vosloo) kẻ đang đóng giả làm tổng thống Mỹ (Jonathan Pryce). Toàn đội bị tiêu diệt bởi một đợt tấn công quân sự của chính phủ, trong đó có Duke (Channing Tatum) cũng thiệt mạng. Roadblock (Dwayne Johnson), Flint (D.J. Cotrona) và Lady Jaye (Adrianne Palicki) là những người duy nhất còn sống sót.