Naruto Shippuuden là một tác phẩm của Kishimoto Masashi. Nó cũng nói về Naruto, nhưng là 2 năm sau, sau khi cậu bé cùng sư phụ Jiraiya của mình đi tập luyện xa trở về làng Lá. Người đầu tiên cậu bé gặp chính là Sakura, cô bạn đã từng cùng trong nhóm Kakashi của cậu. Cô bé Haruno Sakura này cũng đã có khá nhiều thay đổi và đã là một ninja y thuật cực kì... bạo lực. Sakura tin là Naruto đã trưởng thành hơn rất nhiều. Naruto và Sakura vẫn quyết tâm tìm bằng được người đồng đội Sasuke của mình. Và một người thuộc ám bộ Kon đã được cử đến để thế chỗ Sasuke, làm nhóm Kakashi có thể tiếp tục thi hành nhiệm vụ. Cậu này tên là Sai. Thoạt đầu rất vô tình nhưng sau đó đã được tình cảm của Naruto và Sakura dành cho Sasuke cảm hóa, đồng hành với hai người bạn này...

- Từ tập 1-->32: Chính truyện giải cứu Gaara
- Từ tập 33-->56: Chính truyện Sai xuất hiện, team 7 mới thành lập, nhiệm vụ thâm nhập hang ổ Orochimaru truy tìm Sasuke, Naruto bắt đầu luyện Rasenshuriken
- Từ tập 57-->71: Ngoại truyện Thập Nhị Ninja Hộ Vệ
- Từ tập 72-->88: Chính truyện Hidan, Kakuzu bắt Nhị vĩ, cái chết của Asuma, Naruto luyện thành công Futon: Rasenshuriken, cái chết của Kakuzu và Hidan bị chôn sống
- Từ tập 89--->112: Ngoại truyện Tam vĩ và Ninja sử dụng Guren, có ba cảnh trong chính truyện của tác giả ở phút 13:18 đến phút 14:12 tập 92 và phút 15:45 đến phút 17:15 tập 112 và cuối cùng từ phút 17:48 đến phút 18:45, đó cũng là cảnh Tobi, Deidara bắt Tam vĩ
- Từ tập 113-->143: Chính truyện Sasuke tiêu diệt Orochimaru thành lập nhóm Hebi với mục tiêu giết Itachi, Sasuke đấu với Deidara, Jiraiya đấu với Pain, Sasuke biết sự thật về Itachi thành lập team Taka với mục tiêu diệt Konoha và cuối cùng là đánh với Bee để bắt Bát vĩ. Đặc biệt tập 119, 120 là Chính truyện kể về nhóm Minato và nguyên nhân Kakashi có Sharingan
- Từ tập 144-->151: Ngoại truyện về Jinchuriki lục vĩ Utakata
- Từ tập 152-->175: Chính truyện Naruto luyện tiên thuật và đấu với Pain từ tập 152-->169 và từ 172-->175, các tập 170,171 là ngoại truyện
- Từ tập 176-->196: Ngoại truyện
- Từ tập 197-->221: Chính truyện chuẩn bị cho đại chiến nhẫn giả lần thứ 4, Sasuke giết Danzo và tập 220, Kabuto sử dụng Edo Tensei ép Tobi liên thủ với mình. Tập 219 có cuộc chạy đua giữa Kakashi và Gai không có trong manga của tác giả nên cũng bị coi là ngoại truyện, chỉ có cảnh cuối cùng trong tập đó là chính truyện
- Từ tập 222-->242: Ngoại truyện
- Từ tập 243-->256: Chính truyện Naruto gặp Killer Bee và đấu với Kurama, gặp Kushina và quá khứ về ngày sinh của Naruto bao gồm đại chiến giữa Minato và Tobi. Tobi giết Konan lấy lại Rinnegan. Tập 256 là tập đại chiến nhẫn giả chính thức bắt đầu
- Từ tập 257-->260: câu chuyện tình yêu giữa đôi bạn trẻ Naruto và Sasuke
- Từ tập 261-->275: Chính truyện, liên minh đối đầu Haku, Zabuza, Kinkaku, Ginkaku, Naruto thẳng tiến ra chiến trường
- Từ tập 276-->278: Chính truyện quỷ tượng tấn công liên minh, khả năng biến thành người khác của Zetsu và cuộc trò chuyện giữa Naruto và Cửu vĩ
- Từ tập 279-->281: Ngoại truyện
- Từ tập 282-->283: Chính truyện Raikage bị Naruto thông não và cho phép nó ra chiến trường
- Từ tập 284-->295: Ngoại truyện
- Từ tập 296-->302: Chính truyện Naruto đại chiến Nagato, Itachi, Gaara đại chiến Mizukage
- Từ tập 303-->320: Ngoại truyện
- Từ tập 321--> giữa tập 347: Chính truyện Madara hồi sinh đại chiến ngũ đại Kage, Naruto, Bee đại chiến với Tobi và các Jinchuriki. Itachi, Sasuke đại chiến Kabuto, tạp giới chuyển sinh bị giải trừ. Tobi lộ chân tướng và quá khứ về ngày Obito bị đá đè
- Từ tập 349-->361: Ngoại truyện về Kakashi
- Từ tập 362-->372: Cái chết của Neji, cha Shikamaru và cha Ino, sự hồi sinh của 4 Hokage và quá khứ của Madara và Hashirama. Tứ đại Hokage và nhóm Sasuke thẳng tiến tới chiến trường
- Từ tập 373-->375: Tân Sannin ra đời cuộc chiến giữa Obito và Kakashi
- Từ tập 376-->377: Ngoại truyện
- Từ tập 378-->387: Chính truyện đối đầu với Obito lục đạo và Naruto sử dụng Ngu độn: thông não chi thuật đánh bại Obito
- Từ tập 388-->390: Ngoại truyện
- Từ tập 391-->393: Sự hồi sinh thật sự của Uchiha Madara, Naruto và Sasuke bị cụ hiếp đến hấp hối
- Từ tập 394-->413: Ngoại truyện kì thi Chuunin lần 2
- Từ tập 414-->417: Obito quay về chính đạo và cứu Naruto, tập 416 và 1 phần 417 là ngoại truyện
- Từ 418-->421: Gai đại chiến Madara, sự xuất hiện của Lục đạo
- Tập 422-->423: Ngoại truyện
- Tập 424-->426: Madara thi triển ảo thuật vĩnh cửu
- Tập 427-->450: Ngoại truyện về ảo mộng của các nhân vật
- Tập 451--> đến phút 10:30 tập 458: Ngoại truyện về Itachi
- Từ phút 10:31 tập 458-->459: Madara sang thái phẫu thuật chuyển giới và đổi tên thành Otsutsuki Kaguya
- Từ tập 460--> đến phút 15:39 tập 462: Ngoại truyện về lục đạo tiên nhân và em trai
- Từ phút 15:40 tập 462-->463: Chính truyện Naruto ép Kaguya xem phim đồi trụy
- Từ 464-->469: Ngoại truyện về Ashura và Indara và gương mặt thật của Kakashi
- Từ tập 470-->479: Kaguya bị phong ấn, Naruto đại chiến Sasuke và chính thức khép lại Chính truyện của tác giả Kishi. Trong đó từ phút 7:20 đến 16:40 tập 479 là ngoại truyện do nhà sản xuất tự chế ra không hề có trong chính truyện của tác giả Kishi
- Từ tập 480-->đến tập 500: Shikamaru Hiden, Konoha Hiden và hôn lễ của Naruto Hinata