Câu chuyện xảy ra sau khi Naruto đã lên nhậm chức Hokage. Boruto, con trai đầu lòng của Naruto vì không nhận được sự quan tâm chu đáo của Cha mình nên đã bất mãn và làm những việc không đúng với đạo đức Nhẫn Giả. Nhưng sau đó, những “kẻ cắp mặt trăng” xuất hiện và bắt Naruto đi thì cậu mới dần nhận ra và quay về con đường chính đạo. Cùng với Sasuke và Ngũ Kage, cậu đã du hành không gian đến hang ổ của những kẻ đến từ Mặt trăng để cứu Naruto…